在知网进行毕业论文查重需要先注册账号并登录，然后选择“论文查重”功能，上传待查重的论文文件，系统会自动进行查重并给出查重报告。为了保护隐私，建议在上传论文时注意去除个人信息，尤其是在论文中出现的姓名、学校等敏感信息，以免泄露个人隐私。

此外，为了更好地保护隐私，建议在知网进行毕业论文查重时，选择合适的隐私保护等级，避免论文内容被他人恶意获取。可以在上传论文时勾选相关隐私保护选项，确保个人信息不被泄露。同时，定期修改登录密码，加强账号安全性，也是保护隐私的重要措施。